苏州的吴门医派是中医学中的一个地域性流派，因为有“名医多、古籍多、温病学派的发祥地”这些美誉而名闻天下，世称“吴中医学甲天下”。吴门医派是元末明初戴恩恭来吴行医后开始形成发展起来的。因为他是一个综合各家名医经验的杰出人物，所以在苏州中医学界声望较高，以后，由吴中“本土化”医家王仲光等的推动，数百年来出了不少名医，多有杰出之辈。“有闻名邦国者；有饮誉乡里者；有创造发明著书立说而成为一代宗师者；有精于脉理、善诊妙治留芳千百医案者；有广注阐解经典者；有专论克治时病者；有精通诸科者；有独善一枝者。总观诸贤，不唯医道高超，且皆医德隆厚”。以后，遂发展形成了一个相当规模，且具影响的吴门医派。
吴门医派在中国医学史上占有重要地位，与苏州温病学派的兴起密切相关。在温病学说形成之前，一般医家都遵从张仲景的《伤寒论》六经传变的论证方法，进行辨证论治。吴中地区地处东南卑湿之地，是瘟疫、温病的屡发地区，因为温病的病因、发病、传变过程和治疗原则不同于伤寒，故运用治伤寒的方法来治疗瘟疫、温病疗效不佳。因而以吴有性、叶天士、薛生白、缪遵义等一批吴中名医，在大量的临床实践基础上，创立戾气学说与温病学说，叶天士的《温热论》揭示了不同于《伤寒论》的"卫、气、营、血"辨证纲领。温病学派重视基础理论，善于吸取众长，敢于发明创新，处方用药注重实效，具有"轻、清、灵、巧"的特色。从此，温病学说从病因病机到辨证施治有了较完整的理论体系，对祖国医学的发展具有十分巨大的影响。并于相当长的时期内，在抗感染治疗学方面居世界科技领先的地位。
吴地不但名医众多,中药材也有许多特色。
南北朝时，陶弘景《名医别录》中记载：“蜈蚣，生江南大吴，赤头足者良。”后世遂有“舍苏蚣，均不可用”之说。
唐朝诗人王维有“遥知兄弟登高处，遍插茱萸少一人”之咏，其中提到的茱萸，也是一味有温中止痛特殊疗效的中药，中医用之可以治疗厥阴头痛，阳明呕逆，少阴下利，一药治多病，说明一味茱萸非比寻常。《中国药物大词典》称“本品南北皆可，入药以吴地为佳，故名”。相传唐鉴真和尚东渡日本，曾把吴地茱萸带到了日本，以后日本也有培育种植，但远不及中国出产的质量上乘。
意大利旅行家马可波罗，元代时到过中国，他在《行纪》中写到苏州，说：“此城亦有文士、医师甚众。”还说：“此城附近山中饶有大黄，并有姜，其数之多，物搦齐亚钱一枚可购六十磅。”可见这两味常用的中医药物在苏州落户，也有很久远的历史了。
苏州有良好的自然条件，地产药材资源相当丰富，四小药材（小草药、小花果、小动物、小矿物）盛名于世。此外还有苏薄荷、醉仙桃、九空子、佛耳草、挂金灯、卷柏、穹隆术、灯心草、枳壳、青皮、芦根、荷叶、绿梅花、芡实、香橼、蜈蚣、地龙、乌梢蛇、珍珠等吴地药材。就是玫瑰花也有“苏地色香俱足，服之方能有效”的声誉。
